雲山石室位於文峰塔東北面，是明朝大學士黃道周少年時期讀書休息的另一場所。

    石室由三四塊巨石的上端縱橫互疊，頂部縫隙用石片塞就而成的。洞內地面平坦，寬3米，深5米餘，可容20餘人。洞內右側，有一弧形石室，對面有三塊方形石塊，可做石凳，石室內鼕暖夏涼，清幽異常。洞口有路振飛鐫刻“盤澗”，又有黃道周親筆題寫的“雲山石室” 四個大字，字長160公分，寬50公分，蒼勁有力。其南面橫書“黃石齋先生讀書處”，北面額書“高山仰止”。黃道周在《過石齋小作二章》中寫道：“選石安奇字，繃巢度鬼工。何當疑客子，破竇與雲通”。他學貫天人，高風亮節，為國捐軀，實現了自小“破竇與雲通”的凌雲壯志。

    倚石觀海，睹室思人，常令遊客慷慨悲歌！所以使然者，其一，慨嘆此處江山之壯麗，碧波浩蕩，綠島點綴；寶塔高危，古城巍峨，可謂絕無僅有。其二，慨嘆偉人成纔之不易。這崇禎朝最飽學之士，首輔第一號候選人（惜其過於耿直，終沒有入選），其成纔條件卻是如此簡陋。其三，是地靈，方有人傑。哲人受如此壯麗山河之靈氣歲熏月陶。哲人雖惜其命，更惜江山、更惜真理。所以，在外族入侵，山河破碎之時，在真理玷污之時，尚若與生命不可兼得，哲人必如孟子所言，舍生而取義也。

    正因為如此，歷代史家、政要、文人墨客，在一覽黃道周先生讀書處時，不免懷古感舊，引吭高歌：
    《明史黃道周傳》評曰：“道周學貫天人，所至學者雲集。銅山在孤島中，有石室。道周自幼坐臥其中，故學者稱為‘石齋先生’”。

    黃道周在金陵殉難後，曲周路振風飛過銅山，熱淚縱橫之餘，有《弔黃石齋先生》詩。

    清末詩人，書法家馬兆麟先生詩雲：“前明黃石齋，此地樂晨夕；浮白讀《漢書》，研朱點《周易》。”

    民國初年巡按使許世英南巡至此，有《訪黃石齋先生讀書石室》詩曰：“奇峰怪石鐘靈氣，大海共濤姿遠觀，天與斯人存正義，心傷王業未偏安。談經早具千秋想，入室今猶六月寒；悵望空門一灑淚，曩時誰復共艱難。”悵然感懷至極！